常熟市中医院始建于1958年， 2003年底，与同样始建于1958年的常熟市二级甲等妇幼保健院合并重组，并于2004年9月整体迁入新址。在市委、市政府和社会各界的关心支持下，经过全院干部职工的共同努力，医院规模与社会声誉日益扩大，现已成为卫生部国际救援中心认定的“国际紧急救援中心网络医院”、联合国儿童基金会和世界卫生组织命名的“爱婴医院”。南京中医药大学附属医院，以及集医疗、预防保健、教学和科研于一体的二级甲等中医院。2006年组建医疗服务集团，其中海虞卫生院、福山卫生院、周行卫生院、浒浦卫生院、碧溪卫生院、吴市卫生院、董浜卫生院、王庄医院等为集团成员单位。2012年9月接受国家中医药管理局等级中医医院评审复审，被正式认定为“三级乙等”中医医院。
院坚持科教兴院、人才强院战略，大力提高科研教学水平。近三年来，共获得常熟市级科技进步奖4项，苏州市科技进步奖1项。常熟市新技术引进奖11项，苏州市新技术引进奖2项。科研立项55项，其中苏州市级以上27项。发表论文224篇，其中核心期刊38篇。
医院先后获得江苏省价格诚信单位、“节水型”单位，苏州市文明单位、廉洁文化建设示范点、平安医院示范点，常熟市先进基层党组织、公共卫生工作先进集体、企(事)业文化建设优秀单位、职工“十佳”合理化建议成果、模范职工之家、“职工书室”示范点、食品卫生信誉度a级单位等荣誉，医院社会声誉得到持续提升。
2012年，按照常熟市区域卫生规划，在市委、市政府及市卫生局的大力支持下，医院东扩工程正式启动，医院开放床位数将增至900张左右，在不断满足群众就医需求的同时，为承担南京中医药大学四年级中医学生的临床教学任务提供了更优的条件，也为促进临床学科建设、提升医院综合实力奠定了坚实的基础。随着国家级三级中医医院的创建，医院又将在更高的平台上迎来新的发展机遇。